Bioinformatika: naše sekvence jsou připraveny!

✨ Skvělé zprávy — konečně jsme obdrželi naše DNA sekvence!
Vzorky byly sekvenovány ve společnosti MacroGen v Amsterdamu (Nizozemsko) a nyní vstupujeme do nové fáze naší práce — bioinformatické zpracování dat ze sekvenování.

🔍 Prvním krokem je zhodnocení kvality sekvencí. K tomu slouží chromatogram: kontrolujeme, zda je signál čistý, jestli jsou tam chyby, nebo zda vše proběhlo správně.
📑 Pokud máme jen jeden krátký fragment DNA, můžeme jej již použít. Ale pokud bylo sekvenování provedeno s více primery a fragmenty se překrývají, je potřeba je sestavit do jednoho kontigu. K tomu využíváme speciální programy a algoritmy, které skládají jednotlivé úseky do jedné úplné „molekulární historie“.

🔡 „Abeceda“ DNA je přitom velmi jednoduchá — pouze čtyři písmena: A, C, T, G. Mnohem jednodušší než lidská abeceda, že?

🌐 Dalším krokem je „Google pro biology“ — systém BLAST. Ten porovnává naše sekvence s obrovskou mezinárodní databází a vyhledává nejbližší „příbuzné“ našich organismů. Je to zatím předběžná analýza, ale už nyní nám umožňuje identifikovat náš organismus a najít podobné formy, které byly již popsány.

🚀 Čeká nás ještě mnoho dalších kroků, objevů a nových dat. Sledujte naše aktuality!

#QuarryLifeAward #QLA6