Le système de lagunage mise en place pour la phytostation est composé de deux bassins étanches disposés en série et qui se communiquent. Les bassins sont remplis d'eaux usées et sont à l'aire libre sous l'action du vent. Le fond des bassins est garnir de substrat (sable + gravillon) sur lequel se développent des plantes aquatiques (Eichhornia crassipes, Pistia stratiotes, Centella asiatica).
Les bactéries aérobies s'y développent en « cultures libres ». La filtration proche de la surface se fait en aérobie tandis que les eaux plus profondes et le substrat travaillent généralement en anaérobie.
Le premier bassin permet, l'abattement de la charge polluante carbonée et le second permet l'abattement de l'azote et du phosphore et affine le traitement.
Cette lagune constitue un abri idéal pour certaines espèces animales tel que les batraciens…